转录组测序分析
转录组指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合。
转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带,
转录水平的调控是目前研究最多的,也是生物体最重要的调控方式,
真核生物的RNA代谢和功能网络如下图所示,无处不在,变化万千。
转录组测序可以得到特定条件下所有RNA转录本的丰度信息,
从而发现新的转录本和可变剪接体。
高通量的测序技术,可以帮助研究人员获得研究对象基因组转录区域信息,
辅助研究人员在全基因组范围内,鉴定转录发生位点,转录边界,可变剪切等。
其精确的计数方法更可对基因进行精确的定量分析。
RNA-Seq是获取转录组情况的有效高通量试验方法,
它不仅可以获取de novo的转录本,也可以同时检测转录本的绝对表达量和差异表达分析,
具体分析内容和流程如下图。
针对不同策略的建库方式,
转录组测序数据可专项分析pre-mRNA, mRNA, lncRNA, circRNA, miRNA等表达量及多样本间的差异表达。
差异基因可进行主成分分析(PCA),GO、Pathway功能富集,
找出与特定生物学问题相关通路及目标基因。
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